SMP Tahfidz Al Hunafa memiliki muatan pelajaran diniyyah yang lebih dominan dengan tetap mengambil kurikulum dari pemerintah yang menjadi Standar Kompetensi Lulusan (SKL). Materi diniyyah yang diberikan dititik beratkan pada hafalan Alquran dengan target 30 juz selama 3 tahun.
Sekolah ini mengusung konsep pesantren dengan tetap memperhatikan psikologis usia pra remaja. Santriwati dibolehkan pulang setiap pekan dan diwajibkan pulang setiap bulannya agar tetap terjalin quality time dengan keluarga mereka. Hal ini juga bertujuan agar santriwati tidak merasa jenuh dan tetap memiliki semangat setiap kembali beraktivitas di sekolah.
Untuk melanjutkan ke jenjang yang lebih tinggi, yaitu SMA, santriwati SMP Tahfidz Al Hunafa akan mengikuti ujian persamaan dengan ijazah paket B (setara dengan SMP). Adapun ijazah paket B tersebut akan dikoordinir di tahun ketiga pembelajaran. Ijazah paket B tersebut dapat dipakai untuk mengikuti pendidikan di SMA Negeri maupun swasta. Selain ijazah paket B, santriwati juga akan mendapat ijazah pesantren.